Louis Fouché recommande également l’usage de l’hydroxychloroquine, de l’azythromycine et du zinc pour lutter contre le Covid-19. Il s’est opposé au reconfinement, dénonçant des « effets collatéraux majeurs ». Le médecin a été convoqué pour un entretien avec la direction de l’AP-HM (Assistance publique – Hôpitaux de Marseille) le 5 novembre, qu’il a qualifié « d’échange très courtois ». A l’issue de cet « entretien », l’AP-HM a rappelé dans un communiqué transmis à 20 Minutes que « les 16 000 professionnels de l’AP-HM bénéficient dans le cadre privé de la même liberté d’expression que tout citoyen ». Ce droit « s’exerce dans le respect des missions et des obligations du service public hospitalier », a-t-elle précisé. Un mois plus tard, Louis Fouché a participé devant l’IHU dirigé par Didier Raoult à un rassemblement de parents opposés au port du masque à l’école. Il y a notamment fustigé la vaccination des personnes âgées dans les Ehpad.

« On n'a plus le droit de penser de façon différente ou marginale; on n'a plus le droit d'emprunter certains chemins de pensée. Ceci n'est pas autoritaire : ceci est totalitaire », affirme la psychologue et écrivaine Ariane Bilheran pour décrire la polarisation extrême des idées. La docteure en psychopathologie, qui a publié un essai intitulé Le totalitarisme et le choix de vie héroïque, déplore qu'il n'y ait plus d'espace pour la nuance dans l'espace public ou encore un espace tiers pour penser. « Nous sommes criminalisés, marginalisés dès que nous apportons une nuance par rapport à ces deux clans. [...] Ceci est extrêmement grave, et fonde aussi ce qui appartient au registre de la psychose paranoïaque, c'est-à-dire la certitude délirante. »