Une gastroscopie et une coloscopie ont été réalisées pour rechercher davantage la cause de la diarrhée. La coloscopie, en particulier, a mis en évidence une lésion ulcéreuse de l’angle colique gauche, diagnostiquée histologiquement commeune colite ischémique. L’analyse PCR sur des échantillons de biopsie, selon une méthode précédemment rapportée (Kaltschmidt et al., 2021 ), était négative pour le SRAS-CoV-2. Le traitement était symptomatique par mésalazine et substitution ferreuse par voie intraveineuse. Par la suite, l’état du patient s’est détérioré avec le développement d’une insuffisance rénale. Le jour 24, un patient dans la même chambre d’hôpital que notre cas a été testé positif au SRAS-CoV-2. Le jour 25, notre patient a été testé positif au SARS-CoV-2 par PCR en temps réel(RT-PCR), avec une valeur seuil de cycle bas (Ct) indiquant une charge virale élevée . Lors d’une analyse plus approfondie de l’échantillon d’écouvillonnage, il n’y avait aucune preuve de variantes mutantes du SRAS-CoV-2 B.1.1.7, B.1.351 ou B.1.1.28.1. Dans l’ensemble, il semble que le patient ait été infecté par le patient dans sa chambre d’hôpital. Notre patiente présentait alors de la fièvre et une gêne respiratoire, et l’ auscultation pulmonaire montrait des crépitements. Malgré le début d’une supplémentation en oxygène (2 l par minute) et d’une antibiothérapie par ceftriaxone , le patient est décédé le lendemain d’une insuffisance rénale et respiratoire aiguë.

L’ évaluation de l’ immunogénicité en mesurant l’immunoglobuline (Ig) G de liaison à l’antigène de la protéine de pointe (S1) dans les échantillons de sérum obtenus au jour 25 a montré une réponse en anticorps (8,7 U/ml, valeur de référence <0,8–1,2 U/ml ; Roche ECLIA™), tandis que (nucléocapside) NCP-IgG/IgM n’a pas été déclenché (<0,1 U/ml, valeur de référence >1,0 U/ml ; Roche ECLIA™). Ces résultats indiquent que le patient avait déjà développé une immunogénicité pertinente grâce à la vaccination.

L’étude post-mortem a révélé une bronchopneumonie bilatérale aiguë avec des abcès, parfois entourés de cocci bactériens ( Figure 1 ). Il n’y a pas eu de découvertes de manifestations couramment décrites de pneumonie associée au COVID-19 . Au cœur, nous avons retrouvé une hypertrophie biventriculaire (poids 580 g) et histologiquement, nous avons diagnostiqué une cardiomyopathie ischémique . Nous avons détecté une amylose de type transthyrétine dans le cœur et dans une moindre mesure dans les poumons. Les reins ont révélé à la fois des lésions chroniques avec artériolosclérose et fibrose interstitielle , et une insuffisance rénale aiguë .avec dégénérescence tubulaire hydropique. L’examen du cerveau a révélé une nécrose du tissu pseudokystique pariétal gauche , qui a été diagnostiquée comme une ancienne zone d’infarctus.

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Figure 1 . Un résumé des découvertes histologiques pertinentes et les résultats de la cartographie moléculaire est présenté. L’histomorphologie est obtenue par réaction standard à l’ hématoxyline et à l’ éosine , sauf pour le myocarde du côté droit (coloration au rouge Congo). Le grossissement est représenté par des barres. A noter que dans les poumons, nous avons également observé des colonies de coques (flèche) dans les zones granulocytaires. De plus, les résultats de la cartographie moléculaire sont donnés en tant que valeurs seuils de cycle évaluées de la réaction en chaîne par polymérase en temps réel pour le SRAS-CoV-2. Notez que seulement dans le bulbe olfactif et le foie, le SARS-CoV-2 n’a pas pu être détecté.

Nous avons effectué une cartographie moléculaire de 9 parties anatomiques différentes de tissu fixé au formol et inclus en paraffine, comme décrit précédemment ( Kaltschmidt et al., 2021 ). L’ARN a été extrait de coupes en paraffine en utilisant le Maxwell RSC (Promega, Madison, WI, USA). L’analyse multiplex RT-PCR a ciblé 2 gènes indépendants du génome du SARS-CoV-2 (Fluorotype SARS-CoV-2 plus Kit ; HAIN/Bruker, Nehren, Allemagne) : ARN polymérase dépendante de l’ARN (cible 1) et nucléopeptide (cible 2). La valeur seuil négative était Ct >45. Nous avons examiné 9 échantillons de tissus différents pour les voies connues et pertinentes de propagation du virus dans le corps humain ( Figure 1 ). Pour éviter la contamination croisée, chaque échantillon a été directement intégré dans des cassettes de tissus séparées et fixé séparément dans une solution saline tamponnée au phosphate à 4 %.formol . Nous avons démontré l’ARN viral dans presque tous les organes examinés, à l’exception du foie et du bulbe olfactif (Figure 1).

Une étude d’autopsie détaillée comprenant une cartographie virale moléculaire d’un patient vacciné contre le SRAS-CoV-2 avec un test SARS-CoV-2 positif après la vaccination n’a pas été rapportée auparavant, à la connaissance des auteurs. Nous suggérons qu’un seul traitement avec le vaccin à ARN BNT162b2 a provoqué une immunogénicité significative , comme en témoignent les valeurs sériques d’IgG neutralisantes basées sur les protéines de pointe. Des semaines précédant la vaccination, en passant par la vaccination (jour 1), jusqu’à peu de temps avant le décès (jour 24), le patient était exempt de tout symptôme clinique généralement attribué au COVID-19. De plus, les analyses de sang n’ont pas montré de titre d’IgM qui est généralement observé 7 à 14 jours après l’apparition des symptômes ( Kim et al., 2020). Cependant, le patient a été testé positif au SRAS-CoV-2. La valeur Ct mesurée dans l’écouvillonnage nasopharyngé et les valeurs mesurées dans les échantillons d’autopsie fixés au formol et inclus en paraffine indiquent une charge virale et suggèrent une transmissibilité. Parce que notre patient est décédé environ 2 jours après son premier résultat positif au test SARS-CoV-2, nous supposons que les données de cartographie moléculaire reflètent un stade précoce de l’infection virale. Un stade précoce de l’infection pourrait également expliquer pourquoi différentes régions telles que le bulbe olfactif et le foie n’étaient pas (encore) affectées par la propagation virale systémique.

Jusqu’à présent, nous n’avons observé aucune caractéristique morphologique caractéristique de COVID-19 signalée dans des études d’autopsie morphologiques complètes ( Schaller et al., 2020 , Edler et al., 2020 , Ackermann et al., 2020 ). Nous n’avons trouvé aucun signe typique de lésion alvéolaire diffuse dans les poumons, mais nous avons identifié une bronchopneumonie aiguë étendue , probablement d’origine bactérienne. Nous avons conclu que le patient est décédé d’une bronchopneumonie et d’une insuffisance rénale aiguë .

Nos résultats sont conformes aux preuves antérieures de modèles animaux selon lesquelles l’immunisation contre le SRAS-CoV-2 par vaccination semblait réduire la gravité de la pathogenèse, en particulier en ce qui concerne les maladies pulmonaires graves , tandis que l’ARN viral persistait dans les écouvillonnages nasaux ( Van Doremalen et al. , 2020 , Vogel et al., 2021 ). Récemment, Amit et al. (2021) ont publié les résultats d’un essai clinique sur des travailleurs de la santé utilisant le vaccin BNT162b2 qui a démontré des réductions précoces substantielles de l’infection par le SRAS-CoV-2 et des taux symptomatiques de COVID-19 après l’administration de la première dose de vaccin.

Concernant les effets indésirables majeurs chez les patients vaccinés contre le SRAS-CoV-2, les effets locaux prédominent et les réactions systémiques sévères sont rarement décrites ( Yuan et al., 2020 ). Cependant, des rapports récents d’un risque accru de caillots sanguins, en particulier de thrombose du sinus veineux cérébral dans le cas du vaccin Oxford-AstraZeneca ( Mahase 2021 ), ont soulevé un sujet de débat sur la sécurité du vaccin COVID-19 en général. Une analyse complète des données d’autopsie doit être effectuée pour fournir des informations plus détaillées sur les effets indésirables mortels et les décès associés à la vaccination.

En résumé, les résultats de notre étude de cas d’autopsie chez un patient ayant reçu un vaccin à ARNm confirment l’opinion selon laquelle, dès la première dose de vaccination contre le SRAS-CoV-2, l’ immunogénicité peut déjà être induite, alors que l’immunité stérile n’est pas suffisamment développée.