Covid-19. Le nombre de cas surestimé en France depuis des mois, le taux d’incidence revu à la baisse – Ouest France

Covid-19. Le nombre de cas surestimé en France depuis des mois, le taux d’incidence revu à la baisse – Ouest France

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Quand une personne faisait plusieurs tests dans un temps court et différents lieux, elle pouvait être comptée comme plusieurs cas différent.
OUEST -FRANCE/PHILIPPE RENAULT
 
Santé publique France annonce ce jeudi 20 mai un changement important dans le système qui permet de comptabiliser les cas de Covid-19 en France. Ces derniers mois, celui-ci surévaluait le nombre de malades en comptant plusieurs fois certains patients. Le taux d’incidence était surestimé de 12 %. Explications.
 

C’est une correction qui n’est pas anodine qu’annonce ce jeudi 20 mai Santé publique France. L’un des indicateurs les plus utilisés pour suivre l’épidémie de Covid-19, le taux d’incidence, était surévalué depuis des mois d’environ 12 %. Le taux de positivité des tests lui, était surévalué de 8 %.

Pourquoi a-t-on compté trop de cas ?

Pour compter les cas de Covid-19, les résultats des tests sont saisis dans une base de données nommée SI-DEP. Avec le temps, cette base est devenue très complexe ; elle intègre en effet désormais les tests PCR, les tests antigéniques, les tests salivaires, les tests de criblage. De plus, elle est utilisée par plusieurs organismes avec des besoins différents : les agences régionales de santé et l’Assurance Maladie pour le suivi des cas contacts, Santé publique France et le Ministère de la Santé pour les statistiques de l’épidémie.

Pour garantir la protection des données personnelles des personnes testées, chaque personne testée se voit attribuer un pseudonyme calculé à partir de ses données nominatives. C’est ce que l’on appelle la pseudonymisation.
Les données pseudonymisées sont transférées dans la base de données utilisée par Santé publique France pour calculer les indicateurs de l’épidémie : taux d’incidence, taux de positivité, taux de dépistage.

C’est à l’étape de pseudonymisation qu’il y a eu un problème. Des personnes ont pu être testées plusieurs fois dans un temps très court et dans plusieurs endroits. Lorsque le nom d’une personne n’était pas saisi exactement de la même façon (accents, majuscules et minuscules…), le système de pseudonymisation pouvait lui attribuer deux pseudonymes différents. Cette personne testée deux fois, par exemple pour détecter un variant, devenait deux cas, sans qu’il soit possible de l’identifier comme doublon.

Le processus d’anonymisation a été corrigé avec un algorithme plus souple, et la version corrigée va être appliquée sur les données des trois derniers mois. Cette durée de trois mois correspond à la durée de conservation des données nominatives et d’autre part, explique Santé publique France, elle recouvre la montée en charge de la détection des variants.

Combien de cas en trop ?

En appliquant la nouvelle méthode, Santé publique France annonce que les indicateurs recalculés affichent une baisse de 12 % pour le taux d’incidence France entière, une baisse de 8 % du taux de positivité France entière, et une baisse de 6 % du nombre de cas confirmés.
Au 19 mai, Santé publique France annonçait 5 917 397 cas, avec ces 6 % de cas en trop. Le nouveau nombre de cas au 20 mai est de 5 568 551, avec 348 846 doublons qui ont été retranchés.
Le taux d’incidence national était de 148 cas pour 100 000 habitants au 16 mai, il descend à 124 cas pour 100 000 habitants au 17 mai, avec le nouveau calcul.
Voici en gris l’ancienne courbe du taux d’incidence, et en rouge la nouvelle :


Est-ce que c’est grave ?

Grave, non, mais quand même embêtant. Cette imprécision sur un indicateur utilisé notamment par le gouvernement pour prendre des décisions et justifier des mesures fait tâche. Et cela va alimenter certaines suspicions et préventions.

 

Dans certains départements, des dents pourront encore davantage grincer d’avoir subi certaines mesures.

Mais cette révision est à relativiser à plusieurs titres. D’abord, le taux d’incidence et le taux de positivité n’ont jamais été considérés seuls pour justifier de nouvelles mesures. Ils sont de nature trop dépendants du nombre de tests réalisés.

Le gouvernement suivait donc également d’autres indicateurs. Les confinements et couvre-feu étaient également décidés en raison de la situation dans les hôpitaux, notamment, une donnée objective.

Ensuite, selon Santé publique France, la comparaison des indicateurs produits avec l’ancienne et la nouvelle méthode de pseudonymisation montre des courbes proches et des tendances similaires sans conséquence sur la dynamique de l’épidémie, son suivi et son interprétation.

On constate en effet sur le graphique ci-dessus que les deux courbes ont le même aspect et la même dynamique.

Cette baisse générale de 6 % du taux d’incidence ne change donc pas le scénario de l’épidémie.

L’ensemble des chiffres révisés sera publié en début de soirée par Santé publique France, et dans notre direct. Il ne faudra donc pas comparer les chiffres d’aujourd’hui avec ceux d’hier, qui étaient calculés différemment.